Sekolah Tinggi Agama Islam Al Hidayat (STAI Al Hidayat) Lasem Rembang, dilahirkan ditengah Pesantren yang menjadi sentral perkembangan keilmuan Islam tradisional serta kondisi sosial yang heterogen. Oleh karenanya, pendidikan tinggi yang pada hakekatnya merupakan kelanjutan logis dari perkembangan internal pesantren serta merupakan tanggung jawab seluruh masyarakat.

Diawali dari musyawarah yayasan pondok pesantren Kauman Lasem, yang di motori oleh KH. Moh. Zaim Ahmad Mashoem kemudian didiskusikan ditengah-tengah para tokoh-tokoh masyarakat, kerabat, alumni pondok pesantren Kauman maupun pondok pesantren Al Hidayat Lasem yang sifatnya lebih luas, yang berakhir dengan kesimpulan bahwa sudah dipandang perlu dan mendesak untuk segera didirikan Sekolah Tinggi di Pondok Pesantren Kauman Lasem untuk melanjutkan dinamika pendidikan tradisional sekaligus mengapresiasi perkembangan dunia pendidikan modern.

Pada tahun berdirinya STAI Al Hidayat Lasem yakni tahun 2020, yang berlokasi di Desa Karangturi, Kecamatan Lasem, Kabupaten Rembang kemudian di respon positif oleh pihak Kemenag RI dengan mengeluarkan Surat Keputusan Menteri Nomor 244 Tahun 2020 yang kemudian di perbarui dengan Surat Keputusan Menteri Nomor 941 Tahun 2021.

Sedangkan dalam menginisiasi pendirian Program Studi mulai digodok dan dipersiapkan semenjak tahun 2019, dengan pembentukan task force untuk melakukan sejumlah asessment dan studi kelayakan di sejumlah pondok pesantren dan perguruan tinggi yang berbasis pesantren yang memiliki program studi terkait baik di tingkat regional dan nasional maupun menyelenggarakan sejumlah focused group discussion dengan sejumlah stakeholders seperti alumni Pondok Pesantren Al Hidayat, Alumni Ponpes Kauman, Bani Ma’shoem, calon pengguna, pemerintah daerah, pemerintah pusat dan beberapa pusat studi.

Pada awal perkembangannya, Sekolah Tinggi Agama Islam Al Hidayat Lasem telah membuka 2 (dua) program studi yakni Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Ekonomi Syariah (ES). Masing-masing program studi tersebut telah mempunyai rumusan, tujuan yang berbeda. Seperti pada program studi Ekonomi Syariah yang memiliki fokus terhadap lahirnya sumber daya manusia yang unggul dibidang ekonomi dan keuangan berbasis pesantren sekaligus mengedepankan nilai-nilai multikultural. Sedangkan pada program studi Pendidikan Agama Islam mempunyai visi guna menjadi pusat kajian dan pengembangan pendidikan Islam yang berbasis pada masyarakat multikultural.